اگر برای سؤال مهم مقاله، هیچ جوابی- حتی موقت و حدسی- نداشته باشیم، به نوعی سردرگمی مواجهیم. فرضیه­ باید با سؤال هماهنگی دقیق داشته باشد. برای مثال، اگر سؤال اصلی مقاله این باشد که «چرا مقاله­های دانشجویان فلان دانشکده، به خوبی پردازش نمی­شوند؟»، فرضیه می­تواند چنین باشد: «علت عدم پردازش مقالات آنها این است که در مطالعات خود مهارت کافی ندارند.» هر چند در مورد سؤالات ویژه و ارزشی که مستقیما از منابع دینی و مقدس پاسخ می­گیرند، نیازی به ارائه فرضیه نیست، برای سایر پرسش­ها شایسته است یک جواب حدسی و برگرفته از تجربیات و اطلاعات خود، فراهم کنیم و سپس آن را به آزمون و بررسی بگذاریم. فرضیه یکی از مواردی است که در انتخاب مطالب از منابع به ما جهت­ می­دهد.

 آماده­ سازی طرح مقاله و مدیریت زمان و یک برنامه­ریزی منعطف؛
نداشتن طرح تحقیق باعث می­شود که محقق به محض اینکه احساس کرد مطلبی به کارش ربط دارد، آن را فیش­برداری کند و در نهایت با انبوهی از فیش­ها مواجه ­شود که در تعیین تکلیف آنها نمی­تواند مدیریت نهایی را اعمال نماید و به جای اینکه «کتابخانه­ای» باشند، «رودخانه­ای» می­شوند.

طرح مقاله به گستردگی طرح پایان­نامه نیست. یکی از فرق­های طرح مقاله با طرح پایان نامه و رساله این است که در طرح مقاله، ممکن است یک طرح ذهنی که در آن، شاخه­ها و چارچوب مهم مقاله مشخص شده باشد برای شروع کار کافی باشد. در مقاله، به جای فصل­ها، داشتن تیترها و محتوای اصلی هر قسمت کفایت می­کند.